办公室：负责保护区党的建设和精神文明建设。负责拟定全局工作计划，组织执行各项工作制度。负责文秘、机要、档案、信访、法制、接待、后勤保障、基本建设、计划生育、车辆调配、保密外事等工作。

组织人事科：贯彻落实党和国家有关组织、人事、劳动、统战、侨务、老干部等方面的法规和方针、政策。负责干部和人才队伍管理。负责机构、人员编制、调配、职称评聘、干部和技术工人的培训考核。负责劳动工资、福利、津贴、社会统筹保险等工作。负责工、青、妇工作。

计划财务科：负责全局经费预(决)算,资金筹措、使用和管理工作。负责年度计划的制定,并组织实施。负责国有资产管理、统计、财务及专控商品购置申报等工作。负责项目的筛选、论证,申报、储备等工作。

保护监测科：负责保护区森林资源保护与管理、林政稽查和森林资源监测工作。负责保护区各类林业调查规划工作,并组织实施。负责保护区森林防火、林业有害生物监测调查和测报及防治工作。负责保护区林业重点工程的调查设计、实施和验收等工作。负责保护区野生动植物的保护与管理工作。负责安全生产工作。

科研管理科：负责制定科研课题的研究、论证、申报和新技术推广。组织开展科研考察活动。负责保护区的科普宣传工作和科技档案管理工作。

信息管理科：负责保护区信息化建设的组织协调，指导实施、对外交流和技术培训等工作。负责保护区宣传工作，举办各类宣传活动，做好保护区宣传报道和信息、图片、影像资料收集工作。

基层保护站：设置红崖山、连古城、勤锋、黄岭、三角城、花儿园、南湖等7个保护站。职能为：负责监督执行国家有关自然保护区的法律、法规。负责组织辖区内资源调查、森林资源巡护与监测、林地管理、林政稽查及护林防火等工作。负责辖区内有害生物的监测、防治和濒危野生动植物的抢救、保护工作。负责向辖区内群众宣传林业法律、法规。